霸御乾坤的背景故事以三国时期群雄逐鹿的历史格局为框架，构建了一个融合史实与奇幻元素的架空世界。游戏将东汉末年的政治动荡与军事纷争作为叙事基底，同时加入了神兵异兽、玄门秘术等超现实设定，通过玩家视角重新解构了这段充满英雄主义的乱世史诗。核心脉络聚焦于魏蜀吴三大势力对传世秘宝乾坤玉玺的争夺，这件蕴含天地之力的神器被视为改写历史的关键。
游戏中的历史人物被赋予了更立体的性格与动机，诸葛亮不再仅是运筹帷幄的军师，其背后隐藏着复兴汉室与探寻天机的双重使命；吕布除却骁勇善战的形象，还背负着与上古魔神的力量契约。这些改编在保留人物历史内核的基础上，通过虚实相间的叙事手法，为传统三国故事注入了新的戏剧张力。名将们的命运交织成网，玩家在操控角色时会逐步揭开隐藏在赤壁之战、官渡之战等著名战役背后的超自然真相。
世界观设定中特别强调天人感应的哲学思想，名马赤兔被赋予通灵之能，南蛮战象则与巫蛊秘术产生关联，这些设计让坐骑系统成为推动剧情的重要媒介。七星刀、倚天剑等传奇兵器也不再是单纯的战斗工具，而是承载着将魂之力的容器，玩家通过收集这些名器能逐步解锁尘封的历史记忆。游戏用这种具象化的方式，将冷兵器时代的战争美学与东方神秘主义巧妙融合。
势力对抗的叙事线上，游戏创新性地设计了历史改写机制。玩家在关键节点的选择会影响三大阵营的实力平衡，比如是否拯救典韦会导致曹魏武将体系的更迭，而荆州归属权的决策将直接改变夷陵之战的结局。这种多线叙事不仅增强了代入感，更让每个玩家都能书写独特的三国史诗。结义系统的加入则从微观视角补充了乱世中的人际羁绊，通过组队完成桃园誓约等特殊任务，可以解锁隐藏的阵营秘辛。
最终所有剧情线都指向乾坤玉玺的终极谜题，这件贯穿游戏始终的核心道具连接着上古黄帝传说与三国乱世的因果关系。游戏通过碎片化叙事逐渐揭示玉玺的真实力量——它既是维持时空平衡的枢纽，也是引发英雄野心的诱因。这种设定既保留了历史题材的厚重感，又为动作玩法提供了合理的超现实支撑，形成独具特色的神话历史叙事体系。
