组建舰队是无尽的拉格朗日的核心玩法之一，合理的舰队编组直接影响战斗效率和资源获取能力。舰队组建需要综合考虑舰船类型、功能定位、站位分布以及移动速度等因素，确保攻防兼备且适应不同作战需求。
舰船按作战功能可分为前排能扛能打型、前排肉盾型、前排输出型、中排高攻型、后排高攻型、高攻低防型、支援型和高人口型。前排舰船需具备较高防御或闪避能力，例如奇美拉基础型或066防御型，用于吸收敌方火力。中后排舰船应优先选择高攻击单位，如大帝级战巡或红宝石离子炮型，确保输出效率。移动速度是常被忽视的属性，舰队整体速度由最慢舰船决定，高速舰船更适合执行包夹或突袭任务。
舰队编组需遵循功能互补原则，主力舰队应配置6艘以上前排舰船以形成互相掩护机制，残血舰船可由其他单位接替承伤。中后排优先选择巡洋舰或战列巡洋舰等高血量高攻单位，避免使用生存能力较弱的护卫舰。输出舰队则需侧重攻击属性与移动速度，确保能快速迂回至敌方侧翼。包夹战术可无视敌方阵型直接攻击中后排，因此高速舰队在战术层面更具优势。
舰船站位由蓝图定位自动分配，无法手动调整。敌方会优先攻击前排单位，因此防御型舰船必须部署于前排。中后排舰船虽受攻击概率较低，但仍需注意导弹或鱼雷类武器的跨阵型打击能力。维修船在游戏中后期作用有限，其治疗量难以抵消战斗损耗，建议替换为输出单位以缩短战斗时间。特殊功能舰船如防空型或攻城型需根据敌方配置灵活编入，防空单位可针对性克制航母舰队。
功能性舰队需独立编组，例如高速拆家队应由高攻城属性且移动速度快的舰船组成，专门针对敌方采矿平台或前哨站。增援指令需谨慎使用，避免低速单位拖累舰队机动性。战前可通过舰队命名策略迷惑对手，例如将主力舰队标记为侦查小队以降低敌方戒备。舰队指挥值上限受基地等级限制，初期需合理分配人口，优先保证主力舰队满编。
实战中应避免主力舰队与敌方正面冲突，利用输出舰队进行侧翼牵制。若遭遇强敌，可临时增援ST59等肉盾单位提升生存能力。舰队调动需结合计划圈系统，通过曲率航行缩短移动时间。地形限制也需纳入考量，小行星稀疏区禁止大型舰船进入，高能辐射区则排斥小型舰船。持续优化舰船技术值与武器改装，是提升舰队战力的长期方向。
