口袋妖怪火红七岛任务完成后，玩家可以继续挑战游戏中的隐藏要素和强化内容。通关七岛意味着主线剧情基本结束，但游戏仍保留了多个值得探索的方向。首先是收集全部150种宝可梦完成图鉴，这需要反复穿梭于关都地区和七岛之间，利用不同地形和特殊方法捕捉稀有精灵。部分宝可梦如急冻鸟、闪电鸟和超梦需要通过特定剧情触发战斗，而梦幻则属于特殊活动获取的隐藏精灵。战斗塔是七岛区域的重要设施，玩家可在此进行连续对战挑战，系统会根据连胜场次提升对手强度，最终击败塔主能获得稀有道具。
完成图鉴后，玩家可转向训练精灵的个体值与努力值。通过反复与特定NPC对战或使用道具调整宝可梦的基础能力值，培养出具备竞技实力的队伍。游戏内隐藏的对战开拓区提供了更高难度的挑战，七岛南端的训练师之塔也是检验队伍强度的试金石。部分特殊道具如大师球、奇异甜食等需要在地图隐蔽位置或完成支线任务才能获取，这些道具对后期培养至关重要。
火箭队残党的清剿是另一项隐藏目标。虽然七岛剧情中已击败主要反派，但关都地区仍散布着零星的火箭队成员，他们通常携带特殊技能或稀有宝可梦。彻底清除这些敌人后，部分城镇的NPC会赠送隐藏奖励。游戏还存在时间限定的昼夜事件，例如月见山的皮皮舞蹈或特定草丛出现的宝可梦，这些都需要玩家在不同时间段反复探索。
通关后四天王的队伍等级会大幅提升，且携带的宝可梦配置更趋战术化。玩家需要针对性地调整队伍属性搭配和技能组合，部分宝可梦的隐藏特性也会在发挥作用。真正的终极目标是在不依赖神兽的情况下，用自行培养的队伍击败所有强化对手，这标志着对游戏机制和战斗系统的完全掌握。
