主线任务系统不仅包含明面上的战役推进目标，还隐藏着多个需要特定条件触发的任务。这些隐藏任务通常与游戏内探索、资源积累或特殊事件相关，完成后能获得稀有装备、高级军备或特殊称号奖励。隐藏任务不会在任务列表中直接显示，需要玩家通过地图探索、建筑升级或与其他玩家互动等方式解锁。部分隐藏任务与历史战役背景深度绑定，例如德黑兰会议任务链中可能触发的外交分支，或是太平洋战场特定海域的宝藏探索事件。
隐藏任务主要分为三类：地图探索型、资源阈值型和事件连锁型。地图探索型要求玩家在特定区域如斯大林格勒废墟或太平洋无名岛屿进行多次侦查，当探索进度达到隐藏标准时会自动激活任务。资源阈值型需要玩家积累特定数量的稀有资源，例如橡胶产量突破每日上限后可能触发战略物资储备任务。事件连锁型则与主线任务进度强关联，例如完成柏林之战主线后，若城市内保留至少3座完好炮塔，可能激活最后的防线隐藏任务。这类任务往往需要玩家在主线推进过程中提前布局。
技术研究是解锁高级隐藏任务的关键路径。当玩家将科技树中的密码破译或地形勘测等技能升至一定等级，会在地图上显示隐藏任务触发点。部分隐藏任务存在时间限制，如北非战役中的沙暴行动需要在游戏内特定季节完成，错过时间窗口将无法激活。军官系统也与隐藏任务相关，某些高星级军官携带的专属技能可以降低任务触发难度，例如科涅夫的闪电战专家特质能提前24小时解锁突袭类隐藏任务。
军团玩法是接触高阶隐藏任务的必要渠道。当军团城市达到7级以上时，会周期性刷新联合行动系列隐藏任务，需要多名成员协同完成物资运输、联合防御等目标。这类任务奖励通常包含军团专属军备图纸或城市装饰物。个人隐藏任务与军团任务可能存在资源冲突，建议玩家优先完成能提升军团整体实力的任务，例如战略物资共享任务提供的石油产量加成将惠及所有成员。
隐藏任务的设计逻辑强调战略纵深与资源管理。太平洋战场的幽灵舰队任务需要玩家同时满足海军基地等级、侦察机数量和解密文件三个条件，这要求玩家在前期就规划好海军发展路线。建议将每日30%的资源产量预留用于应对突发隐藏任务，特别是需要紧急生产特定军备的战时动员类任务。部分称号类隐藏任务如沉默的守护者需要玩家保持特定建筑连续7天不被摧毁，这类任务考验的是玩家整体防御体系的稳定性。
