通关一周目后，玩家需要满足特定条件才能进入二周目内容。首先确保已收集至少60种不同宝可梦，这是触发大木博士升级全国图鉴的关键前提。完成四天王挑战后，科拿会暂时离开联盟，前往一岛精灵中心会遇到需要修理机器的NPC，他会提示需要寻找红宝石来修复设备。
接下来需要前往灯火山区域，在右侧洞穴内击败两名火箭队成员并获取红宝石密码情报。深入洞穴最深处可找到红宝石，将其带回给精灵中心的NPC后，会得知还需要对应的蓝宝石，同时获得彩虹通行证用于七岛之间的穿梭。这个阶段建议提前准备好冲浪和碎岩等秘传技能，以便探索新区域。
获得通行证后，玩家需要依次探索各岛屿完成系列任务。在四岛会遇到小茂但不会发生战斗，继续前往科拿所冰洞区域，通过攀瀑技能找到被火箭队围困的科拿。击败敌人后得知火箭队仓库位于五岛，需要前往六岛标记森林深处寻找蓝宝石，但会被跟踪的NPC抢走并留下火箭队仓库密码。
最后前往五岛火箭队仓库，使用密码进入并击败首领夺回蓝宝石。将蓝宝石带回一岛完成设备修复后，即可解锁全岛通行权限并开启二周目完整内容，包括捕捉三神鸟和超梦等传说宝可梦。整个过程中注意随时存档，避免因突发战斗导致进度丢失。
