技能获取主要通过道馆挑战、剧情奖励、NPC赠送和隐藏探索四种途径。道馆馆主在被打败后会赠送对应属性的技能机器（TM），如尼比市岩石系道馆的小刚会给予TM39岩石封，而华蓝市水系道馆的小霞则会提供水波动技能。部分关键剧情推进后也会解锁重要技能，例如在圣安奴号游轮上帮助船长后获得HM01一字斩，这是砍伐障碍树木的必要技能。
隐藏技能通常需要与特定NPC互动或完成支线任务。紫苑镇宝可梦塔解救富士老人后获得宝可梦笛子，可唤醒挡路的卡比兽；彩虹市百货公司顶楼能拿到伊布，而地下通道的老奶奶赠送的茶则是通过警卫关卡的关键道具。月见山深处击败研究员后可选择化石盔或菊石兽的化石，后续复活能获得稀有技能。
技能机器（TM）和秘传机（HM）分布在地图各处。枯叶市电系道馆的马志士掉落TM34电磁波，岩山隧道内NPC会传授山崩地裂，而11号道路的博士助手在收服10种宝可梦后会赠送HM05闪光。游戏厅用代币兑换的技能机器如TM15破坏光线属于高阶战斗技能，需积累大量代币。
后期技能获取更依赖探索和属性克制。双子岛需用推石技巧获取急冻鸟，灯火山顶层收服火焰鸟时建议准备水系或岩石系宝可梦。华蓝洞窟底层的超梦需要冲浪和攀瀑技能支持，而幽灵系技能则需在紫苑镇宝可梦塔装备观测镜后才能生效。
技能搭配需考虑属性相克与战斗节奏。火系技能克制草系但被水系抵抗，电系对飞行系效果显著但地面系免疫。一字斩、闪光等秘传机虽占用技能栏位，但能解锁新区域。建议根据队伍构成选择技能，例如物理攻击型宝可梦适合学习百万吨拳击，而特攻型则优先选择精神干扰等技能。
