花千骨手游中的副本系统分布在不同地图区域，玩家需要根据主线剧情推进逐步解锁。幽冥地狱副本位于游戏后期地图冥界区域，需要通过完成前置任务黄泉引路开启入口。该副本分为冥王殿、幽灵森林、鬼火沼泽和幽冥之门四个关卡，每个关卡都有独特的场景设计和敌人配置。进入副本需要消耗体力值，每日挑战次数受VIP等级限制。
三生池水副本位于长留山地图的修炼区域，分为贪、欲、痴三个子副本。VIP1级玩家可解锁贪念副本，后续随着等级提升逐步开放。该副本产出经验、真气、技能书及装备进阶材料，是中期玩家提升战力的重要途径。副本入口在长留山主峰右侧的试炼台，需要完成三生考验系列任务才能激活传送阵。
金库探宝副本位于异朽阁地图的水榭区域，需先通关异朽阁水榭副本才能解锁。该副本采用限时机制，玩家需要在60秒内击碎场景中的宝箱获取金币奖励。副本内会出现干扰玩家的探宝者，地面红色光影提示技能范围需及时躲避。通关后可通过翻牌获得额外金币，每日可挑战次数与VIP等级挂钩。
九霄塔爬塔副本入口在蜀山地图的试炼场中央，采用逐层挑战机制。每层都有独立战力要求，通关可获得飞镖药剂、羽翼进阶材料等奖励。该副本没有明确的层数上限，难度随层数提升递增。首次通关特定层数（20/60/100/150/200层）可成为层数霸主，每日领取进化丹奖励。
师徒副本需要组队进入，位于长留山的师徒试炼场。该副本包含迷宫探索和BOSS战环节，推荐使用溯风等加速灵宠提高效率。副本产出修行值和师徒专属奖励，每日凌晨刷新挑战次数。仙魔大战副本则需通过活动界面报名，在固定时间段开放，采用3v3组队竞技模式。
游戏中的副本入口大多有明显的光效或特殊标识，部分隐藏副本需要完成特定支线任务才会显示。建议玩家优先提升角色等级和装备品质，达到推荐战力后再挑战高难度副本。定期查看游戏内的副本大厅界面，可以获取最新的副本开放信息和活动奖励内容。
